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北京市疾病預防控制中心（北京市預防醫(yī)學科學院、北京結(jié)核病控制研究與防治所）是北京市衛(wèi)生健康委員會直屬正處級公益一類事業(yè)單位。
中心前身為1953年10月成立的北京市衛(wèi)生防疫站。2000年6月，根據(jù)國務院關(guān)于衛(wèi)生監(jiān)督、衛(wèi)生防病體制改革的總體要求，由原北京市衛(wèi)生防疫站、北京市勞動衛(wèi)生與職業(yè)病研究所、北京市健康教育所、北京市性病防治所合并組建北京市疾病預防控制中心，并成立北京市預防醫(yī)學研究中心；2021年5月，根據(jù)《中共北京市委機構(gòu)編制委員會關(guān)于市衛(wèi)生健康委和市中醫(yī)局所屬事業(yè)單位改革有關(guān)事項的批復》（京編委〔2021〕120號），在原北京市疾病預防控制中心、北京市預防醫(yī)學研究中心、北京市結(jié)核病控制研究所基礎上，重新組建北京市疾病預防控制中心（北京市預防醫(yī)學科學院、北京結(jié)核病控制研究與防治所）。
中心承擔著北京市傳染性疾病、慢性非傳染性疾病、學生常見病、病媒生物傳播疾病等預防與控制，開展疾病監(jiān)測與預警和疾病流行規(guī)律研究；承擔全市傳染病疫情溯源和調(diào)查處置，突發(fā)公共衛(wèi)生事件和災害疫情應急處置；開展健康危害因素監(jiān)測與干預工作，開展食源性、職業(yè)性、放射性、環(huán)境性等疾病的監(jiān)測評價和流行病學調(diào)查，開展公眾健康和營養(yǎng)狀況監(jiān)測與評價，提出干預策略和措施；承擔全市結(jié)核病預防與控制；同時還肩負著首都重大政治、經(jīng)濟、社會活動的公共衛(wèi)生保障、首都生物反恐怖襲擊應急等任務；開展公共衛(wèi)生與疾病預防控制的基礎性和應用性科學研究與科技創(chuàng)新，促進科研成果轉(zhuǎn)化。
中心內(nèi)設中心辦、黨辦、紀檢辦等16個職能科所和傳染病地方病控制所、免疫預防所、性病艾滋病防治所等18個業(yè)務科所。截至2023年8月，批準編制1023人，在編職工765人，占編率74.7％；在編衛(wèi)生技術(shù)人員635人，占83.0％，中級及以上職稱占比70.7％（其中高級職稱占33.4％），碩士及以上學歷占54.2％（其中博士學歷占12.9％）。
截至2023年8月，現(xiàn)有國家級和省部級高層次人才37人次，北京市首席公共衛(wèi)生專家4名，首都高層次公共衛(wèi)生技術(shù)領軍人才5名，學科帶頭人7名，學科骨干18名。近五年獲批各級各類科研項目經(jīng)費2.93億元；承擔省部級以上項目172項；作為主持單位獲北京市科委科學技術(shù)獎3項，中華預防醫(yī)學會科學技術(shù)獎二等獎2項、三等獎3項；獲批專利授權(quán)35項，其中：首次取得國際專利授權(quán)1項，國家發(fā)明專利24項，實用新型專利技術(shù)10項；以第一單位發(fā)表科技論文865篇，其中SCI/SSCI論文137篇。截至2022年底，作為第一起草單位制修訂國家標準29項，行業(yè)標準10項，地方標準28項，團體標準16項，在研項目21項；發(fā)布新冠疫情防控相關(guān)地方標準8項。近五年累計培養(yǎng)帶教本科生、研究生454人。
中心現(xiàn)址四個院區(qū)，總占地面積25104.76平方米，建筑面積51380平方米。新址位于通州區(qū)宋莊鎮(zhèn)雙埠頭工業(yè)園區(qū)，建設用地80400平方米，建設總規(guī)模124500平方米，計劃2025年7月完工。中心擁有大型設備780余臺（件），具備開展生物、化學、聲學、熱學、光學和輻射等多個領域的33類1122項檢測能力。擁有流感、麻疹、脊灰3個國家級網(wǎng)絡實驗室，以及食品非法添加物、獸藥殘留和有害元素3個國家參比實驗室；北京市食物中毒診斷溯源技術(shù)重點實驗室；是全國健康促進與教育示范基地、北京市醫(yī)防融合培訓基地、國家公共衛(wèi)生醫(yī)師資格實踐技能考試與考官培訓基地等全國多項培訓、科研教學基地、委員會承擔單位；國家衛(wèi)生有害生物防制標準專業(yè)委員會、北京市公共衛(wèi)生標準化技術(shù)委員會、北京市食品安全地方標準評審委員會3個秘書處設在我中心。