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重慶市疾病預防控制中心（以下簡稱中心）成立于2000年12月，為全額撥款的副廳（局）級公益一類事業(yè)單位，增掛重慶市救災防病應急處理中心、國家食品安全風險監(jiān)測重慶中心等牌子，2023年12月增掛重慶市預防醫(yī)學科學院，系多所高等院校教學實習基地、研究生聯(lián)合培養(yǎng)基地、國家現(xiàn)場流行病學培訓基地、重慶市生物安全培訓基地、全市疾控系統(tǒng)進修培訓基地和重慶市公共衛(wèi)生醫(yī)師規(guī)范化培訓基地。
中心以“開展疾病預防控制，提高公共衛(wèi)生能力，保障人民健康”為宗旨，主要承擔疾病預防與控制、消毒與病媒生物控制、免疫規(guī)劃、突發(fā)公共衛(wèi)生事件預防控制、健康危害因素監(jiān)測評價和干預、食品安全風險監(jiān)測與食源性疾病控制、公眾健康和營養(yǎng)狀況監(jiān)測與評價等13項職責任務，內設行政辦公室、黨委辦公室、科技信息處、人事處、資產管理處和應急處理辦公室6個職能處室和傳染病預防控制所、免疫規(guī)劃所、性病艾滋病預防控制所、地方病與寄生蟲病預防控制所、慢性非傳染性疾病預防控制所、消毒與媒介生物控制所、公共衛(wèi)生安全與監(jiān)測所、理化與衛(wèi)生毒理檢測所、微生物檢測所9個專業(yè)所。
中心核定事業(yè)編制279個，其中專業(yè)技術人員229人、占比86.4％；博士研究生16人，碩士研究生112人，碩博士占比達50％；正高職稱40人，副高職稱76人，高級職稱占比50.7％。2023年底中心搬遷新址，占地146畝，緊鄰蘭海高速，總面積4.5萬m2（不含地下車庫），人均161m2，其中實驗室面積近2萬m2。中心儀器設備總值達3億元，取得國家級檢驗檢測機構資質認定12大類、95小類、1526項參數；取得中國合格評定國家認可委員會（CNAS）實驗室認可12大類、95小類、1488項參數。中心目前擁有的檢驗檢測儀器設備總值和實驗室認可參數在西南地區(qū)均位居第一。中心是西部地區(qū)唯一完成遷建的省級疾控中心，擁有2萬m2實驗室及動物房，面積位居西部第一。中心已經配備了超高效液相色譜串聯(lián)高分辨質譜2臺，高分辨Orbitrap氣質聯(lián)用儀1臺等高精尖設備，也是西部地區(qū)中唯一配備實時直接分析（DART）質譜離子源、MT50現(xiàn)場便攜式多級質譜系統(tǒng)的省級疾控中心。
中心擁有1個固定BSL-3實驗室和2個移動BSL-2實驗室，具備新冠病毒、高致病性禽流感病毒、鼠疫耶爾森菌、埃博拉出血熱病毒和猴痘病毒（已通過評審）等病原微生物實驗活動資格，建成病原體測序溯源平臺和國家級流感、致病菌識別網絡實驗室，在全國率先分離出新冠病毒德爾塔變異毒株，在中國大陸地區(qū)首次檢測出猴痘病毒，是全國首批開展蜱傳疾病專項監(jiān)測的工作單位。
黨的十八大以來，重慶市大力實施健康中國戰(zhàn)略。在市委市政府的高度重視和一系列政策強力支持下，中心高質量發(fā)展快速推進，初步建成基礎設施完善、儀器裝備精良、檢測技術精準、專業(yè)素養(yǎng)精湛的現(xiàn)代化省級疾病預防控制機構。近10年特別是新冠疫情暴發(fā)以來，中心充分發(fā)揮專業(yè)技術優(yōu)勢，快速高效處置包括新冠疫情在內的各類突發(fā)公共衛(wèi)生事件，三年抗擊新冠疫情取得決定性勝利，在國家新冠疫情防控轉段前，重慶市所有新冠疫情在一個潛伏期內得到有效控制；同時積極響應國家號召，多次奔赴其他省市和國外參與重大疫情和突發(fā)災害的應急處置，獲得各級領導和同行的高度贊譽。中心先后榮獲國務院“全國民族團結進步模范集體”、中華全國總工會“抗震救災重建家園工人先鋒號”、中華全國婦女聯(lián)合會“抗擊新冠肺炎疫情全國三八紅旗集體稱號”、國家衛(wèi)生健康委“敬老文明號”、國家衛(wèi)生健康委“全國消除瘧疾工作先進集體”、國艾辦“2017年戒毒維持治療全國優(yōu)秀省級工作組”、中共重慶市委重慶市人民政府“重慶市抗擊新冠肺炎疫情先進集體”，以及中國共產黨中央委員會“全國抗擊新冠肺炎疫情先進個人”、國務院食品安全委員會“全國食品安全工作先進個人”、中共重慶市委重慶市人民政府“重慶市抗擊新冠肺炎疫情先進個人”、共青團中央“全國向上向善好青年”、中共湖北省委員會湖北省人民政府“最美逆行者”、中華全國婦女聯(lián)合會“新冠肺炎全國三八紅旗手”、國家衛(wèi)生健康委員會“中國好醫(yī)生、好護士”等國家及省部級集體和個人榮譽20多項。