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云南大學(xué)附屬醫(yī)院始建于1928年，原名萬(wàn)國(guó)紅十字會(huì)昆明分會(huì)醫(yī)院，1938年抗戰(zhàn)期間作為南遷來(lái)昆的上海同濟(jì)大學(xué)醫(yī)學(xué)部教學(xué)醫(yī)院，1945年春，改建為昆明市紅十字醫(yī)院，1962年更名為昆明市第三人民醫(yī)院，1969年，醫(yī)院整體搬遷至曲靖，更名為8511醫(yī)院，1973年，在昆明重建昆明市第三人民醫(yī)院，1975年，更名為云南省腫瘤醫(yī)院（籌備組），1979年更名為云南省紅十字會(huì)醫(yī)院，1996年經(jīng)云南省衛(wèi)生廳批準(zhǔn)更名為云南省第二人民醫(yī)院，2020年經(jīng)中共云南省委機(jī)構(gòu)編制委員會(huì)辦公室批準(zhǔn)，劃歸云南大學(xué)管理，為云南大學(xué)直屬附屬醫(yī)院，更名為云南大學(xué)附屬醫(yī)院（云南省第二人民醫(yī)院、云南省眼科醫(yī)院）。
醫(yī)院占地面積52畝，編制病床1158張，現(xiàn)有教醫(yī)護(hù)職工2200余人，高級(jí)衛(wèi)生技術(shù)人員200余人；學(xué)科設(shè)置齊全，共有47個(gè)臨床醫(yī)技科室、30個(gè)行政職能科室。
醫(yī)院現(xiàn)有普通外科、康復(fù)醫(yī)學(xué)科2個(gè)國(guó)家臨床重點(diǎn)專(zhuān)科，6個(gè)云南省臨床重點(diǎn)專(zhuān)科，3個(gè)省級(jí)臨床醫(yī)學(xué)中心建設(shè)項(xiàng)目，2個(gè)省級(jí)臨床重點(diǎn)專(zhuān)科培育項(xiàng)目，2個(gè)省院共建臨床重點(diǎn)專(zhuān)科；醫(yī)院是國(guó)家藥物臨床試驗(yàn)機(jī)構(gòu)，目前有5個(gè)國(guó)家級(jí)培訓(xùn)基地；4個(gè)云南省醫(yī)療質(zhì)量控制中心；8個(gè)云南省專(zhuān)家工作站；8個(gè)省級(jí)臨床中心和基地；云南省急診急救專(zhuān)科護(hù)士培訓(xùn)基地。
醫(yī)院承擔(dān)臨床醫(yī)學(xué)專(zhuān)業(yè)本科、碩士及博士三個(gè)層次的教學(xué)任務(wù)，現(xiàn)有博士生導(dǎo)師6名，碩士生導(dǎo)師61名。擔(dān)任全國(guó)高等醫(yī)學(xué)院校國(guó)家“十一五”、“十二五”五年制醫(yī)學(xué)本科規(guī)劃教材《傳染病學(xué)》第七、八、九版、“十三五”國(guó)家衛(wèi)生計(jì)生委全國(guó)高等醫(yī)學(xué)院校英文版教材《InfectiousDiseases》第二版及《外科學(xué)》編委。
醫(yī)院近10年來(lái)承擔(dān)了國(guó)家“十二五”、“十三五”國(guó)家科技重大專(zhuān)項(xiàng)2項(xiàng)，國(guó)家自然科學(xué)基金23項(xiàng)，省級(jí)科研項(xiàng)目155項(xiàng)。現(xiàn)有3個(gè)云南省科技創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)，1個(gè)云南省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室和云南省眼部疾病臨床醫(yī)學(xué)中心，5個(gè)云南省醫(yī)療衛(wèi)生單位內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)；現(xiàn)有云南省中青年學(xué)術(shù)技術(shù)帶頭人10人，云南省醫(yī)學(xué)領(lǐng)軍人才5人，云南省醫(yī)學(xué)學(xué)科帶頭人8人，云南省醫(yī)學(xué)后備人才17人。
醫(yī)院秉承“人道、博愛(ài)、奉獻(xiàn)”的傳統(tǒng)，以“關(guān)愛(ài)生命，患者至上”為醫(yī)院的宗旨和核心價(jià)值追求，定位于“服務(wù)優(yōu)質(zhì)、特色鮮明、專(zhuān)長(zhǎng)突出、綜合全面”，歷經(jīng)90年的風(fēng)雨歷程，現(xiàn)已成為一所集醫(yī)療、教學(xué)、科研、健康保健為一體的省級(jí)現(xiàn)代化三級(jí)甲等綜合醫(yī)院。