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南京腦科醫(yī)院，又名南京醫(yī)科大學(xué)附屬腦科醫(yī)院，江蘇省精神衛(wèi)生中心，始建于1947年，是我國最早的國立腦醫(yī)學(xué)專科醫(yī)院。南京市胸科醫(yī)院始建于1950年，具有胸部疾病診療專科特色。2018年6月26日，南京市整合南京腦科醫(yī)院與南京市胸科醫(yī)院資源，成為新的南京腦科醫(yī)院，一院兩區(qū)。
目前醫(yī)院擁有員工近2200人，床位近2000張，有精神科、神經(jīng)內(nèi)科、神經(jīng)外科、呼吸科、胸外科、心血管內(nèi)科、兒童心理衛(wèi)生研究中心、醫(yī)學(xué)心理科、老年醫(yī)學(xué)科、康復(fù)醫(yī)學(xué)科等42個臨床科室，承擔(dān)著南京市、江蘇省乃至全國神經(jīng)、精神、胸部疾病的醫(yī)療、康復(fù)、預(yù)防、教學(xué)、科研和司法鑒定等任務(wù)，同時承擔(dān)著相關(guān)政府指令性工作及突發(fā)應(yīng)急事件的心理救援等處置任務(wù)，在國家重大城市任務(wù)和突發(fā)公共衛(wèi)生事件處置中發(fā)揮社會維穩(wěn)作用。
醫(yī)院現(xiàn)為國家精神區(qū)域醫(yī)療中心創(chuàng)建單位，世界衛(wèi)生組織（WHO）兒童心理衛(wèi)生科研培訓(xùn)合作中心（亞太地區(qū)唯一的在中國設(shè)立的科研與培訓(xùn)合作中心），南京醫(yī)科大學(xué)、南京大學(xué)、東南大學(xué)博士學(xué)位培養(yǎng)點，南京醫(yī)科大學(xué)心理學(xué)一級學(xué)科碩士點、博士后科研工作站，國家級住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地，全國抑郁癥、強迫癥診療示范基地等。醫(yī)院整體實力位于全國前列，其中精神科為首批國家臨床重點�？�，精神科及亞專科門診量居全國第二位。在2021年度公布的復(fù)旦版醫(yī)院�？婆判兄�，精神醫(yī)學(xué)連續(xù)12年位居�？坡曌u和專科綜合排行榜全國第6位；在中國醫(yī)院科技量值STEM排行中，精神病學(xué)在全國位居榜單第12位/省內(nèi)第1名，神經(jīng)病學(xué)、兒科學(xué)、神經(jīng)外科位列百強。