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江西省兒童醫(yī)院始建于1955年6月1日，是一所集醫(yī)療、科研、教學、保健職能為一體的全國首批三級甲等、省級綜合性兒童醫(yī)院，是我省兒科醫(yī)學人才培養(yǎng)、教學基地，省級危重新生兒救治中心、江西省突發(fā)事件緊急醫(yī)學救援兒科救治基地。
醫(yī)院現(xiàn)有兩個院區(qū)。紅谷灘院區(qū)位于紅谷灘新區(qū)碟子湖大道1666號，占地103.57畝，建筑面積20萬平方米，編制床位1600張，現(xiàn)開放床位1149張；東湖院區(qū)位于南昌市陽明路122號，占地面積48.75畝，建筑面積6.33萬平方米，搬遷后東湖院區(qū)保留門、急診及兒童保健科、康復科，編制床位240張，現(xiàn)開放床位100張。兩院區(qū)同質(zhì)化管理，同步運行。
醫(yī)院設有臨床、醫(yī)技科室56個。其中兒科重癥（急診醫(yī)學部）為首批國家臨床重點建設專科；小兒普外科、神經(jīng)內(nèi)科、骨科、檢驗科（遺傳）、呼吸內(nèi)科、內(nèi)分泌遺傳代謝科、小兒重癥監(jiān)護科、腎內(nèi)科、血液科、江西省小兒心臟病治療中心、新生兒外科是江西省醫(yī)學領先學科；新生兒（遺傳代謝篩查）是江西省醫(yī)學領先專業(yè)建設學科；江西省小兒康復中心是原省衛(wèi)生廳批準的兒科防治技術中心；江西省醫(yī)院感染、兒童血液病、兒科重癥等三個專業(yè)醫(yī)療質(zhì)量控制中心掛靠醫(yī)院。
近年來，醫(yī)院有95項科研成果分別達到國際先進、國內(nèi)領先水平或先進水平；42余項科研成果分別獲得國家和省、廳級科技成果獎；12項課題在國家自然科學基金項目立項。開展的新技術《微創(chuàng)技術在新生兒先天性消化道畸形診治中的應用》獲2017年江西省科學技術進步一等獎。醫(yī)院被確定為首批國家級住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地、國家級兒科專業(yè)住院醫(yī)師規(guī)范化培訓骨干師資培訓基地、國家住院醫(yī)師規(guī)范化培訓重點專業(yè)基地、國家藥物臨床試驗機構（GCP）、國家呼吸系統(tǒng)疾病臨床醫(yī)學研究中心分中心、江西省兒童感染性疾病臨床醫(yī)學研究中心、江西省兒童遺傳代謝性疾病臨床醫(yī)學研究中心、江西省兒童生長性疾病檢測與干預中心。醫(yī)院擁有江西省兒童發(fā)育與遺傳重點實驗室、江西省衛(wèi)生健康兒童心血管疾病重點實驗室。
醫(yī)院是全省唯一的兒科、兒外科住培結(jié)業(yè)省臨床實踐能力考核基地�，F(xiàn)擁有兒科及兒外科等6個國家級住培專業(yè)基地、2個國家級�？漆t(yī)師培訓基地。醫(yī)院還承擔著全省住院醫(yī)師規(guī)范化培訓、全省兒科轉(zhuǎn)崗培訓、省內(nèi)外進修醫(yī)護人員學習等各類教學工作，為全省各級醫(yī)療機構培訓兒科醫(yī)務人員。醫(yī)院是南昌大學兒科學博士、碩士研究生培養(yǎng)單位，近年來培養(yǎng)了兒科學專業(yè)博士及碩士研究生200余名。
醫(yī)院與江西省兒童醫(yī)學研究所合署辦公，該中心實驗室已建成“兒童遺傳病分子與兒童白血病診斷與研究平臺”“細胞生物學、分子生物學和遺傳學科研平臺”，并建立了全省第一個兒童組織樣本庫。兒研所已與復旦大學附屬兒科醫(yī)院合作建立了“兒童精準醫(yī)學聯(lián)合實驗室”。
2016年，醫(yī)院牽頭成立“江西省兒童醫(yī)療聯(lián)盟”，吸納省內(nèi)外23家成員單位及79家協(xié)作單位加入聯(lián)盟。
2019年，醫(yī)院掛牌南昌大學附屬兒童醫(yī)院、南昌大學兒科醫(yī)學院。
2020年，醫(yī)院成為國家兒童醫(yī)學中心（北京）的協(xié)作醫(yī)院。
2021年，醫(yī)院平穩(wěn)有序整體搬遷至紅谷灘院區(qū)，完成醫(yī)院自創(chuàng)建以來的首次搬遷。
2022年，省衛(wèi)生健康委正式批復南昌醫(yī)學院附屬兒童醫(yī)院為我院第二名稱。
2022年，由江西省兒童醫(yī)院托管共建的“江西省兒童醫(yī)院深圳禾正兒科中心”正式掛牌。
六十余載風雨歷程，幾代兒院人不懈努力，醫(yī)院不斷發(fā)展壯大，先后被授予“愛嬰醫(yī)院”“全國文明單位”“全國衛(wèi)生系統(tǒng)先進單位”“全國職工職業(yè)道德建設先進單位”、全國首批“百姓放心示范醫(yī)院”“全國醫(yī)院文化建設先進單位”“全國醫(yī)療服務創(chuàng)新醫(yī)院”等榮譽稱號。
全院干部職工始終堅持“一切為了兒童健康”的宗旨，弘揚“仁愛、務實、求精、創(chuàng)新”的精神，肩負“醫(yī)療、科研、教學、保健”的責任，不斷加強醫(yī)療服務能力建設，竭誠為群眾提供安全、有效、方便、價廉的醫(yī)療衛(wèi)生服務，為決勝全面建成小康社會，建設和諧平安健康江西作出不懈努力。